写本自体が私有され非公開である、などの理由で史料批判がなされる予定がなく、史料として使えないものも多い
超古代文明について言及されている
漢字伝来以前に日本にあったと言われている神代文字で綴られている
近代以降の用語が使用されている
等々の理由で古代からの伝来である可能性は極めて低く、古代史研究における歴史学的な価値は非常に低いと考えられている。しかし、古史古伝は種類が多く、それらの諸点についての度合いは各書ごとに様々である。
現在では、近代における日本人の国家観・民族観への受容等のあらわれとして、写本作成を行う者の思想に対する研究が始まったところである。
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第2次世界大戦前には「神代史」「太古史」など言われ、戦後(1970年代頃まで)には吾郷清彦が「超古代文書」と呼んでいた。また同じ頃、武田崇元(武内裕)は「偽書」「偽史」「偽典」などといっていたが、「偽書」「偽典」は用語として別に確立したものがあり紛らわしいので、やがて「偽史」という言い方に統一されていった。
「古史古伝」という言い方は、吾郷清彦が著書『古事記以前の書』(大陸書房、1972年)で最初に提唱したもので、この段階では「古典四書」「古伝三書」「古史三書」とされていたが、著書『日本超古代秘史資料』(新人物往来社、1976年)では、「古典四書」「古伝四書」「古史四書」「異録四書」に発展した。
初期の頃の吾郷清彦は「超古代文書」という言い方を好み、「古史古伝」とは言わなかった。あくまで分類上の用語として「古伝四書」とか「古史四書」といっていたにすぎない。1980年代以降、佐治芳彦がこれをくっつけて「古史古伝」と言い出したのが始まりである。
下記の分類は前述の『日本超古代秘史資料』を基本としているが、その後、他の文献写本が発見されるに従って吾郷清彦自身によって徐々に改訂が繰り返され増殖していった。その分として若干の補足を加えてある。